Deux frontières émergentes en microbiologie médicale : mNGS et solutions AMR

La microbiologie médicale évolue rapidement. Deux domaines transformateurs :

1. Séquençage métagénomique de nouvelle génération (mNGS)

• Quoi : séquençage "shotgun" de tous acides nucléiques dans échantillon clinique (sang, LCR, BAL, tissu) — hôte + microbiome + pathogènes.
• Percée : Détecte pathogènes non cultivables, nouveaux ou inattendus (virus, bactéries, champignons, parasites) en un seul test — sans hypothèse préalable.
• Applications : encéphalite cause inconnue, septicémie, hôtes immunodéprimés, investigation épidémies, profilage gènes résistance antimicrobienne.
• Défis : coût, délai (24–72h), expertise bioinformatique, ADN hôte en fond, contamination, validation clinique, remboursement.

2. Mécanismes résistance antimicrobienne (AMR) et stratégies novatrices

• Crise : 1,27 M morts/an directement par AMR (2019) ; projeté 10 M d'ici 2050.
• Recherche mécanismes : éléments génétiques mobiles (plasmides, intégrons), pompes d'efflux, dégradation enzymatique (β-lactamases, carbapénémases), mutation cible, tolérance médiée par biofilms.
• Contre-mesures novatrices :
  • Nouvelles classes antibiotiques : teixobactine, darobactines, cilagicine (de microbes non cultivés).
  • Phagothérapie : bactériophages modifiés pour infections résistantes (usage compassionnel → essais).
  • Peptides antimicrobiens : synthétiques ou dérivés hôte (défensines).
  • Immunothérapies : monoclonaux (ex. anti-toxine), vaccins (Staph, Pseudomonas).
  • Antimicrobiens CRISPR-Cas : élimination séquentielle gènes résistance.
  • Potentiateurs adjuvants : inhibiteurs pompes efflux, inhibiteurs β-lactamases (avibactam, vaborbactam).
• Intégration One Health : surveillance humaine, animale, environnementale.

Ces domaines convergent : mNGS détecte gènes résistance directement sur spécimens, guidant thérapies novatrices ciblées.